Nέα άσκηση ποινικής δίωξης από τους εισαγγελείς Διαφθοράς σε βάρος στελεχών του υπουργείου Αμυνας, το έτος 2003, για κακουργηματική απιστία, ενώ η υπόθεση παίρνει τον δρόμο για τη Βουλή προκειμένου να ερευνηθούν ενδεχόμενες ευθύνες του τότε υπουργού Γιάννου Παπαντωνίου.
Η δίωξη αφορά την συμφωνία αντισταθμιστικών ωφελημάτων που υπεγράφη με αφορμή τη σύμβαση Εκσυγχρονισμού Μέσης Ζωής έξι φρεγατών τύπου «S» του Πολεμικού Ναυτικού, στις 12 Φεβρουαρίου 2003, έναντι συμβατικού τιμήματος 381.578.580 ευρώ, με κύριο ανάδοχο τα Ελληνικά Ναυπηγεία ΑΕ και κύριο υποκατασκευαστή την εταιρεία THALES NEDERLAND B.V. Μετά την προκαταρκτική, ο επίκουρος εισαγγελέας Διαφθοράς Αντώνης Ελευθεριάνος άσκησε ποινικές διώξεις για απιστία, σε συνδυασμό με τις επιβαρυντικές περιστάσεις του νόμου περί καταχραστών σε βάρος του πρώην Γ.Γ Οικονομικού Σχεδιασμού και Αμυντικών Επενδύσεων, Σπ. Τραυλού και 7 ακόμη υπηρεσιακών παραγόντων του ΥΕΘΑ.
Αντίγραφα της δικογραφίας όμως πήραν τον δρόμο και για τη Βουλή, για να ερευνηθούν οι όποιες ευθύνες του πρώην υπουργού Γ. Παπαντωνίου, επί υπουργίας του οποίου υπεγράφη η σύμβαση (σ.σ. ωστόσο με βάση τον νόμο περί ευθύνης υπουργών, τα όποια αδικήματα έχουν παραγραφεί). Η έρευνα, η οποία διενεργήθηκε από ειδικό επιστημονικό προσωπικό, το οποίο διατέθηκε στην Εισαγγελία Διαφθοράς από το ΥΕΘΑ διαπίστωσε ότι η σύμβαση υπεγράφη κατά παράβαση της σχετικής νομοθεσίας και των Κατευθυντήριων Οδηγιών του ΥΕΘΑ, με αποτέλεσμα να προκληθεί ζημία στην περιουσία του Ελληνικού Δημοσίου.
